Усадьбы Бойцова:
Усадьба Владимира Храповицкого «Муромцево», Владимирская область, 1884—1895, в руинах. Храм св. Александры, 1890-е. Железнодорожная станция Храповицкая (разрушена). Вероятно, Муромцево — крупнейшая усадьба России, выстроенная после реформы 1861 года. «Здание со свойственным ему размахом проектировал архитектор Бойцов. Не без скандалов я умерял его аппетиты…» — воспоминания самого Храповицкого (цит. по: Журавлёва).

Усадьба Васильевское Усадьба А. Г. Щербатова «Васильевское» (Марьина Гора) близ станции Кубинка, Московская область, 1880-е. Ныне Санаторий имени Герцена (Герцен жил здесь до перестройки дома Бойцовым).
Усадьба Н. А. Казаковой (Веригиной), она же баронесса Мейендорф (Барвиха), Московская область, 1885—1887, ныне резиденция Президента РФ.
Усадьба Святополк-Четвертинского, Успенское, Московская область, 1880-е.
Усадьба С. М. Рукавишникова в селе Подвязье, Нижегородская область, 1880-e.
Полностью разрушены усадьбы работы Бойцова в Кульбаках, Курская область, в Лотареве, Тамбовская область и др.

В Нижнем Новгороде:
Дом С. М. Рукавишникова (1877, ныне Нижегородский государственный историко-архитектурный музей-заповедник).
Храм свт. Кирилла и Мефодия на Грузинской улице.

В Москве:
Усадьба Святополк-Четвертинского (1887, ныне Центральный дом литераторов, Поварская улица, 50)
Дом С. П. Берга (1897, посольство Италии, Денежный переулок, 5, при участии арх. А. В. Флодина). Именно в этом доме в 1918 году Я. Г. Блюмкин убил германского посла Мирбаха. «Особняк Берга — своего рода энциклопедия стилистических направлений от готики до модерна. Поэтому Бойцова можно назвать не только мастером эклектики, но и мастером, предвосхитившим новый художественный стиль» (Ю. Журавлёва)
Дом Н. Д. Финляндского (1889, Улица Маши Порываевой, 2)
Собственный доходный дом (1903, Спиридоновка, 14-16, при участии арх. А. В. Флодина)
Интерьеры Суздальского зала Государственного исторического музея, 1890-е гг.
Интерьеры дома Игумнова, совместно с И. И. Поздеевым (1890-е, Большая Якиманка, 43)
Перестройка и новая внутренняя и внешняя отделка усадьбы Собашниковых (1880-е, Большой Лёвшинский переулок, 6)
Не сохранились особняки работы Бойцова по Тверской, 18, Б. Ордынке, 60/2, Поварской, 41, дом П. А. Шмита на Дружинниковской улице и др.

В Киеве:
Музей древности и искусств — первоначальный проект 1897, выигравший конкурс, был сильно изменён организаторами музей; здание в итоге построено Владиславом Городецким с существенными отступлениями от бойцовского проекта.
Дом А. Н. Терещенко
Дом М. П. Шестакова